天后宮柱頭使用四千多塊斗形木塊，根據文獻資料在清朝嘉慶年間就已經興建，大約每20年修繕一次，現今廟宇為2002年新建，為宮殿式建築，氣宇恢弘、整體莊嚴，結合兩岸三地工匠共同完成，龍柱石刻、浮雕門神等裝飾手法華麗而講究，天后宮中供桌前方的石棺，相傳便是媽祖娘娘聖體奉安的處所。
每年媽祖農曆生日時，都會舉辦盛大的慶祝及繞境活動，當晚燈火通明，鞭炮聲不絕於耳，廟會氣氛濃厚，是當地一大盛事。2009年3月，馬祖籍畫家及登山家李小石，帶著媽祖金身爬上喜馬拉雅山，讓祂成為第一尊登上聖母峰的神明，該尊金身現在正供奉在馬祖境天后宮，供信眾參拜。
馬祖境天后宮是馬祖地方的守護神，也是島上居民的信仰中心，廟裡香火鼎盛，來南竿可別忘記來此上香求平安喔！
在馬祖境天后宮的不遠處，有座直立高聳的劍碑，又稱為「馬祖之劍」，碑體充滿了陽剛氣息，過去曾是防區重要的精神堡壘，而當前成為了醒目的觀光地標。

(節錄自馬管處網站)